Będąc członkiem Senatu mówił, że osiągnął "szczyt swoich ambicji politycznych". W Senacie był zarówno demokratą, jak i południowcem. Popierał ustawę o nadawaniu ziemi (160 akrów) osadnikom, którzy przez co najmniej pięć lat będą uprawiali ziemię. Kongres w owym czasie zajęty był głównie sporami wokół niewolnictwa. Johnson nie lubił niewolnictwa, ponieważ deprecjonowało ono wartość pracy biednego, białego człowieka. Ale uważał je za część składową gospodarki plantacyjnej i nie zwalczał niewolnictwa.<br>W 1860 r. delegacja Tennessee na konwencji Partii Demokratycznej zgłosiła kandydaturę Johnsona na prezydenta. Ale nie miał szans na uzyskanie nominacji. Johnson popierał kandydaturę Johna C. Breckinridge'a, który otrzymał nominację południowych demokratów