Nie tylko u Doroszewskiego, ale także w nowszych słownikach emu jest dwurodzajowe. Można próbować ustalić, który rodzaj jest częstszy, ale nie jest to łatwe, np. NKJP w części zrównoważonej ma 399 przykładów, ale po przejrzeniu pierwszych 100 znalazłem tylko dwa jednoznaczne, oba w rodzaju nijakim. Możliwe, że się pomyliłem w rachunkach, ale i tak widać, że dla osiągnięcia wiarygodnych wyników trzeba by dużo większych liczb i bardziej wiarygodnego korpusu (na liście wyników wyszukanych w NKJP nie widać żadnej książki z zoologii).
Dodam jeszcze, że gdybym mówił o samcu, to użyłbym rodzaju męskiego. Tak samo bym zrobił, obsadzając emu w roli męża w przedstawieniu, w którym rolę żony miałaby grać np. kakadu. W pozostałych wypadkach sięgnąłbym po rodzaj nijaki (podobnie jak np. w polskiej Wikipedii).