W wypadku związków frazeologicznych rzadko interesuje na etymologia (czyli pochodzenie rdzeni wyrazowych), na ogół pytamy o motywację (czyli okoliczności uzasadniające, że dana treść wyrażana jest właśnie w taki sposób). Rozumiem, że Pana pytanie dotyczy motywacji.
Przypuszczam, że głównym czynnikiem decydującym o zestawieniu wyrazów w zwrocie „Co ma piernik do wiatraka?” była ekspresja. Po pierwsze, chodzi tu sugestywne, „warczące” [r], obecne w obu rzeczownikach (a w całym tym zwrocie tylko rzeczowniki zwracają uwagę). Po drugie o ekspresywne słowo piernik, które kojarzyć tu trzeba nie tyle z ciastem, ile z pokrewnym pierniczyć, będącym – jak wiadomo – eufemizmem bardziej dosadnego czasownika. Po trzecie, oczywiście, o brak pokrewieństwa znaczeniowego (a także np. przyczynowego) między wiatrakiem a piernikiem, harmonizujący ze znaczeniem całego zwrotu.
Innym słowy, przypuszczam, że ta sama treść mogła równie dobrze być wyrażona słowami „Co ma wiatrak do piernika?” albo nawet „Co ma tarcza do koryta?”. To, że zestawiono akurat wiatrak i piernik (w tej kolejności) wydaje mi się rzeczą przypadku.
Powyższy domysł można by obalić, wskazując prawdopodobne obcojęzyczne źródło zwrotu, nie udało mi się jednak takiego ustalić. Sprawa przedstawia się więc inaczej niż w wypadku np. zwrotu walczyć z wiatrakami, którego geneza w utworze Cervantesa jest oczywista, a sam zwrot ma swoje odpowiedniki w wielu językach.