Rzeczownik doświadczenie łączy się z wyrażeniem z + narzędnik, jeśli oznacza jakiś eksperyment: Przeprowadzał doświadczenia z nowymi antybiotykami. W znaczeniu ‘ogół wiadomości zdobytych na podstawie własnych przeżyć’ łączymy go z wyrażeniem w + miejscownik: Miał duże doświadczenie w pracy z dziećmi. To, której konstrukcji Pani użyje, zależy od tego, jak rozumiemy doświadczenie w sytuacji opisywanej przez zdanie.
Jeszcze jedna uwaga – ze zdania, które Pani przytoczyła, wynika, że doświadczenie z pilotowaniem samolotów / w pilotowaniu samolotów miała / przeprowadzała… książka. Wskazuje na to odniesienie zaimka swój, który występuje tu w zdaniu pojedynczym po imiesłowie przymiotnikowym, a zatem ma powiązanie z nazwą określaną przez imiesłów. Chyba jednak nie taka była intencja autora tekstu?