Szanowna Pani,
jako że nie jestem specjalistką od antybiotyków, korzystałam z opracowań zrozumiałych dla laika, a te wskazywały na to, że cząstka -mycyna wywodzi się od nazwy -myces będącej nazwą grzyba (taką interpretację podaje np. Słownik języka polskiego pod red. W. Doroszewskiego w haśle terramycyna) – stąd uwaga o sposobie adaptacji greckiej cząstki wskazującej na związek z grzybami. Po przeczytaniu Pani powtórnego pytania przeszperałam raz jeszcze internet i znalazłam ciekawą notatkę we francuskiej Wikipedii. Jest tam mowa o tym, o czym pisze także Pani – antybiotyki, których nazwy kończą się na ~ycine (w języku polskim byłoby to: ~ycyna), są produkowane w sposób naturalny przez mikroorganizmy, których nazwa gatunkowa kończy się na ~yces (np. streptomycyna jest wytwarzana przez Streptomyces), podczas gdy gentamycyna (po francusku: gentamicine) jest produkowana przez mikroorganizmy z rodzaju Micromonospora, dlatego nazwa antybiotyku (w języku francuskim) zawiera i, a nie y. Właśnie brak związku substancji zwanej po polsku gentamycyną z bakteriami mającymi w swej nazwie cząstkę ~yces jest powodem wahań co do poprawności polskiej nazwy gentamycyna.
Jako niespecjalistka nie mogę wnikać w logikę tej nazwy – w to, czy dobrze oddaje ona charakter substancji, do której się odnosi. Z językoznawczego punktu widzenia mogę jedynie stwierdzić, że skoro dana nazwa się utrwaliła (a w tym wypadku tak właśnie jest – w handlu i nauce używa się nazwy gentamycyna), to należy ją uznać za poprawną.