Rzeczywiście podane zdania mogą sprawiać kłopoty interpunkcyjne – i słusznie Pan zauważył, że są to kłopoty podobne do tych, o których się mówi w poradzie: gdzie się da: nie wiadomo do końca, czy wyraz funkcyjny (spójnik albo zaimek względny) wprowadza podrzędne zdanie składowe czy część zdania pojedynczego.
Moim zdaniem najlepiej nadać przykładom, o które Pan pyta, postać taką:
Zegar chodził jak chciał = ‘nie było kontroli nad tym, jak działał zegar’, a zatem jak chciał pełniłoby tu funkcję okolicznika; przecinek przed jak mógłby sugerować znaczenie: ‘zegar chodził, działał – gdy chciał działać’; wtedy jak chciał byłoby zdaniem podrzędnym okolicznikowym czasu.

Zrobię to najlepiej jak się da = ‘zrobię wszystko, by wykonać zadanie możliwie dobrze; postaram się ze wszystkich sił’; tutaj, co prawda, nie dostrzegam możliwości innej interpretacji, gdyby zdanie miało przecinek (może z wyjątkiem dość karkołomnej: ‘zrobię coś najlepiej, ale tylko wtedy, gdy się da to zrobić najlepiej’), ale mimo to zdecydowałabym się na pominięcie przecinka. Widzę bowiem wyraźną spójność semantyczną wyrażenia najlepiej jak się da – jest ono dla mnie po prostu wzmocnionym najlepiej.

Nie mam wątpliwości, że w przykładzie (…) które nie wiadomo czemu miałyby służyć nie powinno być przecinka przed czemu, ponieważ forma ta nie oznacza w tym wypadku ‘dlaczego’, lecz jest uczciwą formą C. zaimka co.

W zdaniu Bóg jeden wie, co tam się działo postawiłabym natomiast przecinek: fragment rozpoczynający się od co jest, w moim przekonaniu, zdaniem składowym podrzędnym dopełnieniowym – i tylko tym. Jest tak dlatego, że pierwszą część zdania stanowi frazeologizm Bóg (jeden, jedyny) wie, mający charakter predykatywny (por. jego zdaniotwórcze znaczenie: ‘nie wiadomo’) i przyłączający zdanie (podobne właściwości ma Bóg raczy wiedzieć). Frazeologizm ten trzeba odróżnić od podobnego mu formalnie związku Bóg wie co, mającego jednak charakter nominalny (por. jego znaczenie rzeczownikowe: ‘nie wiadomo co’), w związku z tym niepełniącego funkcji zdania podrzędnego. Dlatego też tego drugiego frazeologizmu przecinkiem bym nie wydzieliła.
Różnicę między obydwoma związkami, przekładającą się na decyzję interpunkcyjną, skrótowo przedstawiłabym zatem tak:
Bóg wie co tam się działo = Działo się tam Bóg wie co (możliwa zmiana szyku, uwypuklająca znaczenie frazeologizmu) = ‘działy się tam niestworzone rzeczy’ = zdanie pojedyncze z wyrażeniem sfrazeologizowanym; w języku mówionym poznajemy to po akcencie padającym na co.
Bóg wie, co tam się działo = Bóg jeden wie, co tam się działo = Bóg raczy wiedzieć, co tam się działo = zdanie z podrzędnym dopełnieniowym; funkcję zdania głównego pełni frazeologizm Bóg (jeden, jedyny) wie, Bóg raczy wiedzieć; w języku mówionym poznajemy to po akcencie padającym na wie, wiedzieć; gdybyśmy chcieli odwrócić szyk tych zdań, przybrałyby one postać taką: Co tam się działo, Bóg wie; Co tam się działo, Bóg jeden wie; Co tam się działo, Bóg raczy wiedzieć.