Królik jest tłumaczeniem łacińskiego regulus 'mały król', co z kolei zdrobnieniem od rex 'król', w dopełniaczu regis. Nazwa łacińska motywowana podobno tym, że ptaszek ten ma na głowie żółty pasek przypominający koronę.
Człon mysi – informuje Andrzej Bańkowski w swoim słowniku etymologicznym – dodano dla odróżnienia od słowa królik w jego znaczeniu zoologicznym. Więcej o tym podaje polska Wikipedia (szkoda, że bez wskazania źródła): „Mysikrólik nie ma w zwyczaju chować się w dziuplach lub innych zakamarkach nawet zimą. Świadczy to o jego wytrzymałości, bo potrafi w 15-stopniowym mrozie przesiedzieć na gałązce nawet 16 godzin. To sprawia, że oznaczono go łacińską nazwą gatunkową regulus wywodząca się od rex, czyli króla. Zgrabne połączenie natury ptaka ujęto w polskiej nazwie – w ciele wielkości myszy kryje się królewski hart ducha, co wydaje się podkreślać żółta niby-korona”.