Wielki słownik ortograficzny PWN rozstrzyga tę kwestię na rzecz pisowni łącznej, por. w nim hasło ponadtysiącletni. Osobiście uważam ten werdykt za mało przekonujący, bo skoro piszemy ponad 1000-letni, to pisownia ponad tysiącletni też powinna być aprobowana. Może jednak nie warto dyskutować ze słownikiem ortograficznym.