Na takie pytanie już kiedyś odpowiadałem, ale ponieważ odpowiedź nie znajduje się w publicznym archiwum poradni, więc zacytuję najważniejszy fragment:

Interpunkcja w ciągu tyle tylko że jest zróżnicowana. Można postawić przecinek przed że albo nie stawiać przecinka, przy czym oba rozwiązania dają się uzasadnić. Pierwsze (przecinek przed że) opiera się na regule, by oddzielać przecinkiem że, które wprowadza zdanie podrzędne. Drugie (przecinek przed tylko) można oprzeć na analogii do wyrażeń zwłaszcza że i tym bardziej że, które w całości są poprzedzane przecinkiem, a w środku przecinka nie mają. Podobnie zróżnicowana jest interpunkcja w ciągu dlatego że, w którym przecinek można postawić albo przed że (jeśli akcent zdaniowy pada na dlatego), albo przed całym ciągiem (bez takiego akcentu). Niezależnie od przyjętego rozwiązania ciąg tyle tylko że trzeba poprzedzić przecinkiem (o ile oczywiście nie stoi on na początku zdania). To, czy postawić przecinek dodatkowo przed że może zależeć od tego, jak byśmy chcieli dane zdanie odczytać. Jeśli przewidujemy pauzę po słowie tylko, to obecność przecinka jest uzasadniona.

I jeszcze fragment innej z wcześniejszych odpowiedzi:

Natomiast w wypadku wyrażenia tyle tylko że położenie akcentu na tylko jest całkiem realne, więcej – prawdopodobne, więc przecinek sam się nasuwa. Proszę zwrócić uwagę, że pod tym względem tyle tylko że różni się od krótszego tyle że, które nie jest dzielone przecinkiem, por.

Był taki sam, tyle tylko, że większy.
Był taki sam, tyle że większy.