roku 2000 Najwyższa Izba Kontroli przeprowadziła drugą, szeroką kontrolę branży cukrowniczej, obejmującą przede wszystkim kwestie realizacji ustawy o regulacji rynku cukru i przekształceniach własnościowych w przemyśle cukrowniczym z 26 sierpnia 1994r. Raport pokontrolny wyraźnie wskazuje na zaniedbania i niedostateczny nadzór nad przemysłem cukrowniczym zarówno ze strony Ministra Rolnictwa i Gospodarki Żywnościowej, jak i Ministra Skarbu Państwa. NIK pisze wprost, że Spółki Cukrowe "opóźniły procesy restrukturyzacyjne w cukrowniach, obciążające je dodatkowo kosztami swojego funkcjonowania". NIK wskazuje też na "niekonsekwentne i niespójne decyzje Ministra Skarbu Państwa" i stwierdza, że "z winy Ministra Skarbu Państwa i Spółek Cukrowych nie nastąpiła konieczna koncentracja przetwórstwa buraków