SZJ jest ujęciem wyjściowym, integrującym wszystkie pozostałe ujęcia (techniczne, ekonomiczne, społeczne). Rezultat projektowania organizatorskiego występuje w postaci struktury organizacyjnej SZJ. Istotną wskazówką w tworzeniu tej struktury jest zabezpieczenie jej przed alienacją w systemie zarządzania przedsiębiorstwa. Nie powinno pojawić się przekonanie, że oto powstaje system, który przejmuje i rozwiązuje problemy jakości. Groźna jest także mitomania, towarzysząca SZJ a zwłaszcza TQM, której jednym ze skutków może być wrogie przeciwstawienie SZJ systemowi zarządzania przedsiębiorstwa. Filozofii jakości i zasadom podejścia jakościowego najlepiej odpowiadają organiczne, hybrydowe, fraktalne oraz macierzowe typy struktur organizacyjnych, o dominacji powiązań horyzontalnych i ukośnych