Komisją Wydatków krytykował plan Roosevelta zwiększenia sił zbrojnych USA do 4 mln ludzi w 1943 r. Hoover uważał, że Stany Zjednoczone nie posiadają dostatecznego potencjału transportowego, aby przerzucić tak znaczną liczbę wojsk na inne kontynenty i utrzymać linie zaopatrzeniowe na wymaganym poziomie.<br>7 stycznia 1944 r. zmarła żona Hoovera - Lou Henry Hoover. Po jej śmierci Hoover powrócił do selektywnej działalności publicznej. W 1945 r. wypowiedział się przeciw użyciu broni atomowej. "Jedyną różnicą między tą bronią a użyciem gazów trujących jest obawa odwetu w przypadku użycia gazów".<br>Prezydent Truman zwrócił się do Hoovera o zorganizowanie programu pomocy żywnościowej dla uchodźców w Europie