Jefferson był w znacznym stopniu swoim własnym sekretarzem stanu.<br>W każdym razie Madison, jako sekretarz stanu, nie był przeszkodą dla Jeffersona. Przeciwnie, był lojalnym członkiem jego administracji i cieszył się zaufaniem prezydenta. W 1808 r. Jefferson, mimo namowy ze strony przyjaciół, odmówił ubiegania się o trzecią kadencję. Udzielił jednak poparcia aspiracjom prezydenckim Jamesa Monroego z Wirginii. Ale członkowie Kongresu z partii demokratycznych republikanów preferowali Madisona i on uzyskał nominację partii jako jej kandydat na prezydenta.<br>Madison zdecydowanie pokonał kandydata federalistów, Charlesa Coteswortha Pinckneya. Uzyskał w kolegium elektorskim 122 głosy, podczas gdy jego oponent tylko 47. Wiceprezydentem został George Clinton, który uzyskał