Mogą one służyć do ich testowania, choć same są również hipotezami, które mogą zostać obalone w wyniku uzyskania nowych danych lub ich reinterpretacji. Paleontolog ma w bezpośrednim zasięgu swoich możliwości badawczych przebieg ewolucji w pojedynczych liniach ewolucyjnych ("anagenezę"), podczas kiedy sama filogeneza (kladogeneza) może być jedynie przedmiotem hipotez. Powoduje to dogłębną metodologiczną odmienność wnioskowań o filogenezie i o przebiegu ewolucji z materiału kopalnego. Problem osobny stanowi zagadnienie testowalności rekonstrukcji filogenetycznych w paleontologii. Skoro dane empiryczne dotyczą głównie przemian "anagenetycznych", to raczej te aspekty drzew rodowych, które się odnoszą do przebiegu ewolucji, są łatwiej testowalne w paleontologii,<br>niż będąca wynikiem alopatrycznych specjacji