Mn podobne jest do miejsca wiążącego Zn w Cu,ZnSOD (w której jednak jon cynku nie bierze udziału w katalizie). Podobnie jak w przypadku Cu,ZnSOD, katalityczny jon metalu znajduje się na dnie kieszeni tworzącej centrum aktywne. W kieszeni znajduje się kilka zasadowych (naładowanych dodatnio) reszt aminokwasowych i tylko trzy kwasowe (naładowane ujemnie) reszty aminokwasowe. Wydaje się, że podobnie jak w przypadku Cu,ZnSOD, zachodzi tu elektrostatyczne kierowanie substratu do centrum aktywnego. Kolejną cechą struktury różniącą MnSOD od Cu,ZnSOD jest obecność grupy fenolowej OH reszty tyrozylowej (tyrozyny 34) odległej ok. 0,5 nm od jonu Mn. Obecność reszty tyrozylowej w