Tennessee w randze generała brygady pełnił do 3 marca 1865 r. Johnson był znaną postacią w Tennessee, poprzednio dwukrotnie sprawował urząd cywilnego gubernatora tego stanu i lojalni wobec Unii mieszkańcy stanu powitali z zadowoleniem jego nominację. Johnson ustanowił swą siedzibę w Nashville. Nie miał jednak łatwego zadania. Mieszkańcy byli podzieleni, przeciwnicy atakowali go, miał także różne spięcia z generałami wojsk Unii, stacjonującymi w Tennessee, często musiał zmieniać przedstawicieli władz niższego szczebla itp.<br>Jesienią 1865 r. Johnson odwiedził Waszyngton i odbył dłuższą rozmowę z Lincolnem na temat przywrócenia władz cywilnych w Tennessee. Poznał lepiej Lincolna i obaj przypadli sobie do gustu. Johnson