Nazwa ta wywodzi się z języka arabskiego, w związku z czym istnieje konieczność transkrybowania jej na alfabet łaciński. Pierwszy problem polega więc na tym, czy powinniśmy pisać al-Kaida czy al-Quaeda. Zgodnie z dominującym zwyczajem w Polsce stosuje się zapis al-Kaida. Forma al-Quaeda występuje w tekstach anglojęzycznych.
Drugim problemem jest zapis formy al. W encyklopediach Wydawnictwa Naukowego PWN w arabskich nazwach typu Al-Aksa, Al-Alamejn stosuje się, moim zdaniem słusznie, zapis wielką literą. W związku z tym za optymalny zapis powinniśmy uznać Al-Kaida. Wydaje się jednak, iż ze względu na stopień upowszechnienia należy zaakceptować też wariant z małą literą na początku.
Osobnego wyjaśnienia wymaga problem „ myślnik czy dywiz”. Myślnik (pauza) oddziela części zdania, w związku z tym musi być wydzielany odstępami od sąsiadujących z nim słów (tak jak wyraz). W nazwach arabskich element al jest niesamodzielny, należy uznawać go za część wyrazu, któremu towarzyszy. W związku z tym stosujemy zapis z łącznikiem (dywizem): Al-Kaida lub al-Kaida.