Wyraz gnój nawiązuje do gnicia. Jak podaje W. Boryś w Słowniku etymologicznym języka polskiego (Kraków 2005, s. 168–169), u jego podstaw leży prasłowiański rzeczownik *gnojь oznaczający początkowo coś gnijącego lub zgniłego, a później – odchody zwierzęce zmieszane z podściółką i przegniłe, nawóz do użyźniania gleby (definicja za: Boryś, 2005, 168–169) wywodzący się od czasownika *gniti ‘gnić’.