Obie formy są poprawne, a wybór między nimi może zależeć od tradycji. Sytuacja taka nie jest odosobniona, por. Instytut Pedagogoczny – Instytut Pedagogiki i in. Większość instytutów naukowych ma obecnie nazwę zbudowaną według modelu „rzeczownik + rzeczownik”, dlatego jeśli chodzi o znalezienie nazwy neutralnej, nie zwracającej uwagi, to Instytut Matematyki jest propozycją odpowiedniejszą.