Sądzę, że mogą być co najmniej trzy przyczyny. Najpierw musimy uwzględnić zwyczaj językowy, bo taka nazwa już dość dawno chyba utrwaliła się w polskich tekstach. Zwyczaj zaś ukształtował się zapewne w wyniku użycia wielkiej litery dla wyrażenia szacunku dla tej sławnej misjonarki.
Mamy też charakterystyczną asymetrię w zwracaniu sie do zakonników. Ojcem można nazwać każdego zakonnika będącego kapłanem, zaś wyraz matka jest używany tylko w odniesieniu do zakonnicy pełniącej wyższe funkcje(na ogół w połączeniu matka przełożona). To może sprawiać, że wyrażenie Matka Teresa uznano za indywidualne, odmawiając tej cechy wyrażeniu ojciec Pio.
Muszę też zauważyć, że forma matka Teresa bez kontekstu byłaby niejasna. Wielka litera pozwala rozwiać te wątpliwości. W przypadku ojca Pio takich wątpliwości raczej nie ma.
Wniosek: piszmy Matka Teresa i ojciec Pio.