Każde z tych słów ma inne pochodzenie. Imię Marek wywodzi się od nazwy rzymskiego boga wojny Marsa i wskazywało na związek chłopca (mężczyzny), które je nosi, z tym właśnie bogiem (dawało go Marsowi pod opiekę).
Rzeczownik marek, który występuje we frazeologizmach nocny marek (‘osoba, która w nocy wykonuje aktywności, które podejmuje się w dzień: pracuje, uczy się, czyta itd.’) i tłuc się jak marek po piekle (‘nie móc się na niczym skupić ani niczym zająć, a zamiast tego chodzić, spacerować itd.’), rzeczywiście początkowo oznaczał duszę pokutującą. Ma on etymologiczny związek z wyrazami: mara, marny i marzyć.
Wszystkie one mają u swych źródeł prasłowiański czasownik *mariti ‘powodować, że coś się ukazuje, pojawia, majaczy we śnie, że coś się roi’ (definicja znaczenia, jak i cały opis, na podstawie: W. Boryś, Słownik etymologiczny języka polskiego, Kraków 2005, s. 315–316). Polskie wyrazy należące do tej rodziny mają wspólny element znaczeniowy – ‘nierzeczywisty’: mara to ‘duch osoby zmarłej’ i ‘przywidzenie senne’, marek to ‘pokutująca dusza’, a marzyć to ‘wyobrażać sobie, że istnieje coś, czego w rzeczywistości nie ma’. Marny zaś początkowo był regularnym przymiotnikiem utworzonym od mary – znaczył ‘nic nieznaczący, bezcelowy’ (taki jak mara senna).