Szanowna Pani,

wszystkie trzy formy są poprawne, a ich użycie zależy od sytuacji. 

Formuła pierwsza (Działając w imieniu spółki X, wyjaśniam, że...) wyraźnie wskazuje, że nadawca pisma jest pełnomocnikiem spółki. Formułą drugą (Spółka X wyjaśnia, że...) posłuży się przedstawiciel spółki, nie zaś jej pełnomocnik (chyba że nie chce się on ujawniać). Formuła trzecia (wyjaśniamy...) jest najbardziej uniwersalna.

Z poważaniem