Chodzi o dwie sprawy. Po pierwsze, o formę nazwiska: czy Purkyně, czy może Purkinie, Purkynie, Purkinje albo Purkynje, a spotyka się też zapisy Purkyne i Purkynye. Pierwsza jest oryginalna, czeska, pozostałe powstały jako jej warianty funkcjonujące w różnych językach. Zapis Purkinje jest powszechny w tekstach angielskich, stąd pewnie jako nowe zapożyczenie pojawia się i w polskich. Za podstawowe w języku polskim należy jednak uznać formy podawane przez wymienione słowniki: Purkyně, bo to zapis oryginalny, Purkinie, gdyż to tradycyjne spolszczenie tego nazwiska.
Po drugie, chodzi o wzorzec odmiany: nazwisko to odmieniamy jak przymiotnik, DB. Purkiniego, C. Purkiniemu, NMs. Purkiniem. Jeśli przed nazwiskiem wystąpi odmieniane imię (ewentualnie jakiś wyraz pospolity określający osobę), możemy nazwisk zakończonych na -e i -o nie odmieniać, stąd forma Jana Purkyně.
Różnice pomiędzy cytowanymi słownikami dotyczą pisowni, nie odmiany.