Obie formy są poprawne – jeśli wyraz setki oznacza dużą ilość czegoś (lub kogoś), to łączy się z orzeczeniem w liczbie pojedynczej (Setki ludzi wyszło na ulicę) lub mnogiej (Setki ludzi wyszły na ulicę). Taką zasadę podaje Słownik poprawnej polszczyzny pod red. A. Markowskiego (PWN, 2004, wersja elektroniczna), jednak ja zachęcam do stosowania orzeczenia w liczbie mnogiej: Setki ludzi wyszły na ulicę, Były ich setki.