Być można dałoby się tu zastosować analogię z wydziałem i uniwersytetem albo z instytutem i wydziałem: mają odrębne statuty (regulaminy etc.), stanowią pod wieloma względami samodzielne jednostki, a jeden wchodzi w skład drugiego. Do pokazania takiej zależności stosujemy konstrukcję dopełniaczową bez przyimka, np. Wydział Polonistyki [czego?] Uniwersytetu Warszawskiego; Instytut Języka Polskiego [czego?] Wydziału Polonistyki – oraz, oczywiście: Instytut Języka Polskiego Wydziału Polonistyki Uniwersytetu Warszawskiego.
Jeśli zależność między zespołem szkół, o którym Pani pisze, a każdą ze szkół jest podobna jak np. między wydziałem a uniwersytetem (czyli jeśli i zespół szkół, i każda szkoła mają swój status, dyrekcję itd.), to pisałabym: Publiczna Szkoła Podstawowa im. Kornela Makuszyńskiego Zespołu Szkół Ogólnokształcących.
Jeśli jednak osobowość prawną wyrażoną osobnym zarządem (dyrekcją), osobnym statutem itd. mają tylko szkoła podstawowa i gimnazjum (a już nie zespół szkół jako taki), to używałabym – pisząc o jednej z tych placówek – przyimka w: Publiczna Szkoła Podstawowa im. Kornela Makuszyńskiego w Zespole Szkół Ogólnokształcących.
Przyimek przy jest współcześnie nadużywany – stosuje się go bardzo często po prostu do pokazania jakiejkolwiek zależności dwóch bytów. Zjawisko to – samo w sobie – jest ciekawe, lecz jeśli szukamy opinii normatywisty, to musi być ona tutaj niekorzystna dla przy: rozszerzenie zakresu jego użycia prowadzi do rozbudowy funkcji, a wskutek tego – do rozmycia znaczenia; tego językoznawca normatywista raczej nie popiera, bo rozmycie znaczenia elementów leksykalnych zmniejsza precyzję wypowiedzi i – w związku z tym – komunikatywność przekazu.