Oba zdania są poprawne, zob. np. komentarz do hasła milion w Nowym słowniku poprawnej polszczyzny PWN. Na pytanie: dlaczego? mogę odpowiedzieć tylko domysłem. Pierwsze zdanie akceptujemy może dlatego, że dwa tysiące to liczba tak duża, iż przestajemy w niej widzieć jednostki i traktujemy ją jako całość, analogicznie do takich liczb, jak sto, tysiąc czy milion. Drugie zdanie zaś świadczy o tym, że składnik dwa jest w tej liczbie ciągle widoczny i jego własności gramatyczne decydują o wyborze formy orzeczenia.