Żaden z polskich słowników, do których udało mi się dotrzeć, nie rejestruje słów anotować, anotacja. W użyciu jest, jak zdołałam ustalić, imiesłów anotowany ‘opatrzony komentarzem lub znacznikami’, zwykle w połączeniu z rzeczownikiem korpus (anotowany korpus). Jeśli wyrazy anotować, anotacja są więc używane, to zapewne mają znaczenie – odpowiednio – ‘opatrzyć komentarzem lub znacznikiem’, ‘komentarz lub znacznik, którym został opatrzony tekst’. Najprawdopodobniej jest to zapożyczenie angielskie, por. annotate ‘opatrzyć komentarzem’.
Adnotacja to, oczywiście, ‘dopisek, krótka dodatkowa notatka’. Jak widać, znaczenia tych słów się różnią.