Mówimy o liczbie czegoś, co się daje policzyć. Można liczyć bakterie, ale gdy nie ma potrzeby tego robić, rozpatruje się ich całe skupiska, a wtedy naturalniej jest mówić o ilości bakterii niż ich liczbie. Taka jest zasada, w praktyce natomiast łatwo natrafić na zdania, w których użycie któregokolwiek z tych słów byłoby równie uzasadnione, por. dwa przykłady z Narodowego Korpusu Języka Polskiego: „Pracownicze biurka są siedliskiem o wiele większej liczby bakterii niż pracownicze toalety”, „Niewielka ilość bakterii, która dostanie się do organizmu, może wywołać poważne zakażenie”.
Stosunkowo często mówimy o dużych ilościach czegoś, bakterie nie są wyjątkiem: „(…) odcieki z wysypisk zawierają ogromne ilości bakterii (…)”. Nie mówimy natomiast o dużych liczbach czegoś, duże liczby na ogół występują bez zależnego rzeczownika.