Nie ma zakazu używania skrótu na początku ani na końcu zdania. Nie każdy skrót czuje się dobrze w każdej pozycji, ale np. skróty tytułów czy stopni wojskowych mogą otwierać zdanie, a skróty itp. oraz itd. często je zamykają.
W związku z tym nie ma zasadniczych przeszkód, aby nagłówek dokumentu miał postać Nr egzemplarza… Można jednak wzorować się na tytulaturze aktów prawnych – np. „Rozporządzenie Komisji (UE) nr 432/2012” – i pisać Egzemplarz nr… Taka postać wydaje mi się bardziej elegancka i zgodna ze zwyczajem.
Przy okazji zauważmy, że w tytułach dokumentów (także aktów prawnych) z zasady tylko pierwsze słowo pisze się wielką literą (oraz oczywiście te, które mają status nazwy własnej). W szczególności skrót nr, w tytułach aktów prawnych pisany rozmaicie, powinien mieć małą literę na początku. Jest to tym bardziej uzasadnione, że nawet skróty wchodzące w skład nazwy własnej mają małą literę, np. Komisja ds. Kultu Bożego i Dyscypliny Sakramentów Episkopatu Polski (por. http://www.kkbids.episkopat.pl/).