Typ pliku i rozszerzenie nazwy pliku to nie to samo, a różnice pomiędzy nimi są też widoczne w języku, np. BMP to typ plików graficznych, których rozszerzeniem jest z reguły .bmp. Pisownia jednak jest chwiejna – w obu znaczeniach stosuje się i małe, i duże litery. Sugerowałbym, zwłaszcza na użytek edytorski, stosowanie wersalików dla oznaczenia typu, a małych liter jako wyróżnika rozszerzeń (muszę jednak przyznać, że nie zawsze ich odróżnienie jest łatwe).
Pytanie dotyczy rozszerzeń nazw plików komputerowych, które są z reguły różnego rodzaju skróceniami, ale odpowiedź w dużym stopniu odnosi się do odpowiednich nazw typów plików. Dopóki nie zostanie przeprowadzona bliższa analiza ich formy językowej, możemy je bez ryzyka większego błędu uznać za skrótowce. Zwłaszcza że zasada taka dobrze się sprawdzi w praktyce.
Tyle uwag wstępnych, teraz odpowiedzi na pytania:
1) Wymowa rozszerzeń nazw plików opiera się na zasadach wymowy skrótowców. Mamy wśród nich tzw. literowce, a więc skróty złożone z pierwszych liter wyrazów tworzących rozwiniętą nazwę, przy czym litery te wymawiamy osobno, np. .pdf [pe-de-ef], .txt [te-iks-te], z typowym dla nich akcentem na ostatnią sylabę. Liczne są też głoskowce, również złożone z pierwszych liter pełnej nazwy, ale zawierające samogłoskę w środku, z tej przyczyny wymawiane jak suma głosek, np. .rar [rar], .zip [zip]. Do tej grupy należy włączyć też skrócenia typu .doc [dok], .temp [temp]. Jest tu też miejsce dla rozszerzeń z samogłoską na początku i końcu, np. .info [info], które mają akcent na drugiej sylabie od końca. Rozszerzenia nazw plików w ogromnej większości składają się z najwyżej trzech znaków, toteż niewiele jest takich, które nie mieszczą się w wymienionych grupach. Pozostałe możemy zaliczyć do skrótowców mieszanych (łączących cechy literowców i głoskowców), np. .jpeg [jot-peg]. Od tej klasyfikacji mogą być nieliczne i rzadko spotykane wyjątki, głównie chyba rozszerzenia o formie pełnego wyrazu, np. .cursor, które traktujemy tak jak wyrazy podstawowe. Mimo że w ogromnej większości wypadków skrócenia te pochodzą od wyrazów i wyrażeń angielskich, wymawiamy je zwykle jak wyrazy rodzime, np. .pcx [pe-ce-iks], .html [ha-te-em-el].
2) Pewnym problemem może być pisownia, bo o ile skrótowce zapisujemy wielkimi literami (a przynajmniej od wielkiej litery jak w nazwach typu Pafawag), rozszerzenia mają ustaloną dwojaką pisownię. Przeważa zapis typu .html, .exe, z kropką, która wprawdzie nie musi wystąpić, ale radzę ją zachować, bo korzystnie wpływa na czytelność nazwy. Zapis wariantywny HTML, EXE stosowałbym już bez kropki, bo czytelność zapewniają wersaliki.
3) Rozszerzenia nazw plików nie są odmieniane, w odróżnieniu od wyrazów nazywających ich typy (a odmiana tychże nie powinna sprawiać większych kłopotów, skoro stosujemy reguły odnoszące się do skrótowców). Różnicę można pokazać za pomocą następujących przykładów: „Jest błąd w PDF-ie” ale „Jest błąd w .pdf”. Nieodmienność rozszerzeń może wynikać stąd, że używamy ich zwykle w połączeniu z rzeczownikami nadrzędnymi, np. w pliku .bat.
Problem jest bardzo skomplikowany, wymaga więc bliższego opisu tych form językowych. Myślę, że ewentualne wątpliwości najlepiej rozwiać przez kolejne pytania.