Wybór końcówki dopełniacza liczby mnogiej rzeczowników żeńskich (-ø, -i, -y, -ii, -ji) umotywowany jest w zasadniczej mierze fonetycznym zakończeniem tematu fleksyjnego (miękkim bądź twardym). Rzeczowniki twardotematowe, rzeczowniki zakończone na -ja i nazwy z sufiksem -ini, -yni mają końcówkę zerową, por. desek, żmij, gospodyń. Rzeczowniki miękkotematowe, poza hipokorystykami (spieszczeniami) typu ciocia, mamusia i miękkotematowymi zakończonymi na pojedynczą spółgłoskę (pustynia, ziemia), oraz rzeczowniki zakończone na -ea, -ua, -oa przybierają w dopełniaczu liczby mnogiej końcówkę -i (dodatkowo motywację tę może wspierać czynnik słowotwórczy – rzeczowniki z przyrostkiem -nia w mianowniku liczby pojedynczej mają w dopełniaczu liczby mnogiej zawsze -i, np. kłótnia – kłótni). Końcówka -y charakterystyczna jest dla tych rzeczowników, których temat zakończony jest na spółgłoskę historycznie miękką, lecz później stwardniałą – np. cz, sz, ż (rzecz – rzeczy), choć istnieją od tej reguły wyjątki (niektóre takie rzeczowniki przybierają końcówkę zerową, np. kasz, prac). Natomiast końcówki -ii, -ji są charakterystyczne dla rzeczowników obcych zakończonych w M. lp na -ia, -ja z poprzedzającą spółgłoską, a w istocie dla takich wyrażeń, których zakończenie tematu jest zmiękczone przez [j] realizowane w piśmie jako i bądź j. Cechą charakterystyczną tej grupy jest synkretyzm dopełniacza liczby pojedynczej i mnogiej.
W wyrażeniu dafnia litera i nie jest znakiem zmiękczenia, lecz miękkości (tego i w istocie nie wymawiamy). Fonetycznie słowo to zapisuje się przez [ń] ([dafńa]). Zakończenie jego tematu jest więc miękkie. A skoro tak, to końcówka dopełniacza liczby mnogiej powinna mieć postać -i (i tak właśnie jest), w przeciwieństwie do takich wyrazów jak beckmannia [beckman’ja], mania [man’ja], monotonia [monoton’ja], przybierających ze względu na obecność miękczącej joty końcówkę -ii. Wyraz dafnia w wymowie zachowuje się tak, jakby był wyrazem rodzimym, co m.in. świadczy o jego zadomowieniu na gruncie polskim.
Reguła przytoczona w pytaniu, choć często umieszczana w wydawnictwach poprawnościowych, nie do końca odpowiada prawdzie. Nie chodzi bowiem w takich przypadkach o pisownię, lecz o wymowę.