Pochodzenie nazwy miasta nie jest całkiem jasne. Jedni wyprowadzją ją z pruskiej nazwy osobowej, inni z litewskiego słowa o znaczeniu 'przewrócić, zdmuchnąć (o wietrze)', skąd etymologiczne znaczenie Kwidzyna: 'miejsce, gdzie jest wietrzno'. Są także inne próby etymologizacji (zob. Maria Malec, Słownik etymologiczny nazw geograficznych Polski, PWN, 2003).