Słowo zgon nic pochodzi od skonać, lecz od prasłowiańskiego rdzenia, którego kontynuantem jest także polski czasownik gonić. Skojarzenie zgonu – czyli etymologicznie spędzenia, zgonienia (zwierząt) – ze śmiercią nastąpiło pod wpływem skojarzenia z dawnym polskim skon 'śmierć, skonanie' (za Słownikiem etymologicznym języka polskiego Wiesława Borysia).
Czeski skon, podobnie jak dawny polski skon, wywodzą się z innego prasłowiańskiego rdzenia, którego kontynuacją jest dzisiejsze polskie konać, a także kończyć. Znaczenie 'umierać' czasownika konać wykształciło się ze znaczenia 'kończyć', ściślej zaś – powstało przez jego zawężenie do kontekstów, w których chodzi o kończenie życia.