Najkrótsza odpowiedź na tak postawione pytanie jest następująca: mówimy w czwartek, w wakacje, w wigilię (biernik), ale w sierpniu, w roku 2013, w trzecim kwartale (miejscownik), bo taki jest zwyczaj językowy.
A odpowiadając nieco szerzej, należy wyjaśnić, że pytanie dotyczy funkcji składniowej przyimka w. Należy on do grupy tzw. przyimków podstawowych, pierwotnych. Jest w polszczyźnie dziedzictwem poprzednich epok językowych: prasłowiańskiej i praindoeuropejskiej. Charakteryzuje się szerokim zakresem funkcji składniowych i znaczeniowych. Tworzy m.in. wyrażenia określające czas. Może się łączyć z rzeczownikami (lub innymi wyrazami w funkcji rzeczowników) w bierniku i w miejscowniku (czyli rządzi biernikiem i miejscownikiem). Zasady repartycji tego rządu nie są jednoznacznie określone. Charakterystycznym zjawiskiem są formy oboczne, por. np. w tym dniu i w ten dzień; w dniu ślubu i w dzień ślubu; w złym czasie i w zły czas; w tym czasie i w ten czas.
Często zdarza się tak, że przyimek w łączy się z rzeczownikiem w bierniku, jeżeli towarzyszy mu przydawka, por. np. w złotą polską jesień, w noc poślubną (grudniową), w dzień ślubu (powrotu), a z rzeczownikiem w miejscowniku, jeżeli rzeczownik ten jest bez przydawki, np. w jesieni, w nocy, w dniu.
Podane w pytaniu przykłady wskazują odmienną regułę: w czwartek, w wakacje (bez przydawki, biernik), ale w roku 2013, w trzecim kwartale (z przydawką, miejscownik). Nie ma więc jednej reguły określającej, kiedy przyimek w rządzi biernikiem, a kiedy miejscownikiem, nawet tylko w zakresie wyrażeń temporalnych.