Pewności nie ma, ale zasady polskiego słowotwórstwa sugerują, że to raczej wtopa pochodzi od wtopić niż na odwrót i że wtopić pochodzi od topić. Jaki jest związek tych dwóch czasowników? Wtopić bywa znaczeniowo bliskie, por. pierwszy przykład w Słowniku polszczyzny potocznej Macieja Czeszewskiego: „Wtopiliśmy już w twój samochód dwie bańki, zdaje się, że będziemy wracać na piechotę”. Stąd blisko już do wtapiania egzaminów i poszczególnych przedmiotów (por. dalsze przykłady w wymienionym słowniku).
Żartobliwą etymologię wtopy przedstawia Bartek Chaciński w Wypasionym słowniku najmłodszej polszczyzny. Opowiadając o kelnerze, który „zaliczył wtopę”, konkluduje: „Francuzi powiedzieliby faux pas, my – nieco podobnie – «wto-pa»”.