W zasadach interpunkcji nie znajdziemy bezpośredniej odpowiedzi na takie pytanie, zasady te operują na wyższym poziomie ogólności. Można szukać odpowiedzi przez analizę składniowo-semantyczną danej konstrukcji i odniesienie jej do konstrukcji analogicznych. Jeśli np. uznamy, że drugi człon jest rodzajem dopowiedzenia, że niesie informację drugorzędną, to możemy napisać Janina Kowalska, z domu Nowak, a chcąc jeszcze bardziej zmarginalizować drugi człon – nawet Janina Kowalska (z domu Nowak). Także gdybyśmy uznali, że słowa z domu Nowak są równorzędne wobec nazwiska Kowalska, to jak zazwyczaj w bezspójnikowych frazach współrzędnych moglibyśmy użyć przecinka.
Można też w słowach Janina Kowalska z domu Nowak widzieć wyrażenie analogiczne do tytułu Krystyna córka Lavransa. Przytoczyłem go tutaj tak, jak go zapisano w internetowym katalogu Biblioteki Narodowej, kwerenda w internecie pokazuje jednak, że tytuł ten jest zapisywany różnie, czasem z przecinkiem, a czasem bez (nb. katalog BN przytacza norweski tytuł tej powieści w postaci Kristin Lavransdatter, czyli też bez przecinka).
Z powyższych uwag nie wynika jednoznaczna odpowiedź. Skłaniam się do tego, by pisać z przecinkiem, co więcej – myślę, że z powodów czysto składniowych taka pisownia nie może być błędem. Można jednak akceptować pisownię bez przecinka, skoro istnieje – jak świadczy Pana pytanie i nieliczne przykłady, które z trudem znajduję w Narodowym Korpusie Języka Polskiego – taki zwyczaj.