W przykładach takich jak kościół Franciszkanów wyrazy typu franciszkanie nie wchodzą w skład nazwy rodzajowej, lecz współtworzą z nazwą rodzajową nazwę własną. Z zakonem franciszkanów jest inaczej, gdyż nazwa ta nie jest traktowana jako własna. Te konstatacje logiczno-ortograficzne można by podważać, ale rozumiem, że nie chodzi Pani o nic innego jak tylko o wskazówkę, jak pisać. Otóż kościół Franciszkanów, klasztor Franiszkanów, ale zakon franciszkanów, por. par. 18.25.1 zasad pisowni w słownikach ortograficznych PWN oraz poszczególne hasła w części alfabetycznej (w szczególności hasło dominikanin w Wielkim SO PWN, wyd. III, 2010, gdzie napisano wprost: „zakon dominikanów, ale: kościół Dominikanów”).