Sikorski, którego armia broniła obszaru wokół Wisły i Narwi, gdzie znajdowały się przedmościa i przeprawy bronione z udziałem Flotylli Wiślanej. Przełożonym był również dowódca Grupy "Dolnej Wisły" gen. M. Osikowski. Rozkazy bojowe dowódcom statków i motorówek wydawali także dowódcy przedmości: włocławskiego, płockiego i wyszogrodzkiego.<br>W tej sytuacji 14 sierpnia dowódca Flotylli Wiślanej prosił Departament dla Spraw Morskich o właściwe ustalenie jego operacyjnego podporządkowania. Jednakże ze względu na szybkie tempo wydarzeń związanych z przebiegiem bitwy warszawskiej i działań nad dolną Wisłą - sprawa podległości operacyjnej flotylli stała się wkrótce nieaktualna.<br>Podkreślić należy, że podobnie jak Flotylla Wiślana, wadliwe dowodzenie, zupełnie nie odpowiadające warunkom