Trudna i skomplikowana sytuacja powstała w Wilnie, które w pierwszych dniach września zostało pozbawione nawet formacji tzw. Obozu Warownego, przerzucanych na zachód do walki z Niemcami. Pozostały jedynie zdekompletowane jednostki zapasowe i tyłowe. Pospiesznie formując obronę miasta, udało się rankiem 18 września skoncentrować około 7000 żołnierzy. Obowiązki dowódcy sprawował płk Jarosław Okulicz-Kozaryn, który na polecenie gen. J. Olszyny-Wilczynskiego wydał rozkaz, stwierdzając w nim, że: <q>nie jesteśmy z bolszewikami w stanie wojny, oddziały na dodatkowy rozkaz opuszczą Wilno i przejdą granicę litewską. Oddziały niebojowe mają rozpocząć opuszczanie miasta, bojowe pozostają na pozycjach, lecz nie wolno im strzelać bez rozkazu</> (P