Początkowo wystrój wnętrza kościoła miał być dziełem Stanisława Witkiewicza. On to projektował ławy, konfesjonały, drzwi wejściowe, witraże w nawach, a także najstarszy ołtarz - Matki Bożej Różańcowej, mieszczący się w kaplicy lewej nawy, w którym prace rzeźbiarskie wykonywali Jan Nalborczyk (figury) i Wojciech Brzega (ornamenty). Ołtarz w drugiej kaplicy, Najświętszego Serca Jezusowego, także początkowo projektowany przez Witkiewicza, został w trakcie realizacji przez Szkołę Przemysłu Drzewnego tak zmieniony, że Witkiewicz wycofał się z jego autorstwa i w efekcie powstało dzieło, będące klasycznym przykładem "sposobu zakopańskiego" Edgara Kovátsa. Ten ostatni jest także autorem projektu obydwu ołtarzy bocznych na tęczy - św. Franciszka w lewej nawy