Wystąpił również z aktem łaski wobec Murzyna, który został skazany na śmierć za rzekome zamordowanie białej kobiety, choć nie było żadnych dowodów zbrodni, poza wymuszonym przez śledztwo zeznaniem oskarżonego. Prezydent potępiał lincz, ale nic nie uczynił, by zapobiec tym zbrodniom. Mimo że Hoover lubił uchodzić za prezydenta, który ochraniał mniejszość murzyńską, za jego prezydentury w stanach południowych wyrzucano Murzynów z Partii Republikańskiej.<br>Hoover wystąpił z inicjatywą i programem reformy systemu więziennictwa amerykańskiego. Powstawały obozy pracy, budowano nowe więzienia, stworzono federalne szkoły kształcące strażników więziennych. Hoover częściej korzystał z możliwości warunkowego zwalniania więźniów aniżeli jego poprzednicy.<br>Interesował się także problemami Indian amerykańskich