D9", w porównaniu z poprzednikiem ma wyższą i dłuższą maskę silnika, zderzaki dokładniej dopasowane do karoserii, przednie ksenonowe reflektory z charakterystycznymi, "diamentowymi" odbłyśnikami, obłą pokrywę bagażnika i tylne klosze lamp z podzieloną na pół listwą w kolorze nadwozia i z rubinowymi szkłami. We wszystkich, nawet najtańszych wersjach Peugeota 406 w standardzie wprowadzono również 15-calowe koła z oponami o rozmiarze 195/65. Zwiększono liczbę dostępnych silników. Peugeot 406 '99 otrzymał nowy motor benzynowy typu EW 10 J4 - 16-zaworowy, 4-cylindrowy z wielopunktowym wtryskiem paliwa, o pojemności 2 l i mocy 137 KM oraz wysokoprężny DT 10 TD z common rail