Sądu Najwyższego, przyjął propozycję i w połowie kwietnia 1900 r. wraz z Nellie i trojgiem dzieci popłynął na Filipiny. Początkowo planował, że pozostanie na Filipinach nie dłużej niż rok. W lipcu 1901 r. został jednak mianowany pierwszym cywilnym gubernatorem wysp i pozostał na tym stanowisku do 1904 r.<br>Jako gubernator Filipin czuwał nad umocnieniem kontroli amerykańskiej nad tym krajem. Budowano w tym celu drogi i porty. Taft zreorganizował system sądowniczy na Filipinach. Starał się torować drogę dla eksportu produktów filipińskich. Przekonywał Kościół katolicki, który był właścicielem ogromnych obszarów ziemskich, aby wydzierżawił lub sprzedał ziemię chłopom pod uprawę. W 1902 r. udał