konfederatom.<br>W lutym 1862 r. wojska Unii, pod dowództwem generała Granta, zajęły Nashville i część zachodnich rejonów Tennessee. Prezydent Lincoln mianował Johnsona gubernatorem wojskowym Tennessee, polecając mu wprowadzenie "pokoju i bezpieczeństwa dla lojalnych mieszkańców tego stanu do czasu, kiedy będą oni w stanie utworzyć władze cywilne", zgodnie z wymogami konstytucji Stanów Zjednoczonych. Johnson przyjął tę misję, ale przejął swe obowiązki dopiero w końcu 1863 r., kiedy cały obszar stanu Tennessee został oczyszczony z wojsk konfederackich i kiedy można było przystąpić do organizacji władz cywilnych.<br>Funkcję gubernatora wojskowego Tennessee w randze generała brygady pełnił do 3 marca 1865 r. Johnson był znaną postacią