siarkowodór i amoniak, są przyswajane przez autotroficzne bakterie chemosyntetyzujące, wykorzystujące energię takich reakcji chemicznych, jak nitryfikacja (bakterie Nitrosomonas i Nitrobacter) lub utlenianie siarkowodoru do siarki elementarnej i siarczanów (bakterie Thiobacter, Thiobacillus i inne):<br>&lt;gap&gt;<br>Bakterie wykorzystywane w biofiltrach i biopłuczkach mogą być pobierane z osadu czynnego oczyszczalni ścieków. Ich ogromne zdolności adaptacyjne sprawiają, że niektóre z nich uzyskują zdolność przyswajania związków zupełnie obcych przyrodzie (na przykład chlorowcopochodnych organicznych). Proces adaptacji przebiega samoistnie w warunkach oczyszczania. Przyspieszenie oczekiwanych rezultatów można osiągnąć, stosując specjalnie wyhodowane kultury bakterii, dostępne w handlu w formie zawiesin lub pastylek.<br>Rodzaj substratów i produktów metabolicznych procesów przebiegających w komórkach