S i gromadzące się w chromatynie podczas replikacji DNA, nazywane podtypami replikacji, oraz 2) podtypy niezależne od replikacji, których synteza nie jest sprzężona z syntezą DNA i odbywa się poza fazą S cyklu komórkowego. Występują one głównie w komórkach nie ulegających podziałowi, znajdowanych najczęściej u dojrzałych zwierząt (brak ich w embrionach), są włączane w chromatynę niezależnie od replikacji DNA, reprezentując strukturalne warianty większości histonów.<br>Molekularne znaczenie wariantów histonowych pozostaje w sferze hipotez. Duża ich liczba wydaje się pomnażać różnorodność typów histonowych oraz ich komórkową specyficzność. Prawdopodobnie te różnice odgrywają rolę czynnościową. Być może warianty histonów okazują wpływ na długość łącznikowego DNA