drugiego bezkrólewia, Batory i Zamoyski, podówczas podkanclerzy, zamyślili założyć w Krakowie zakład naukowy typu humanistycznego - Collegium Regium, utrzymywane przez króla i od niego zależne. Zamoyski chciał pozyskać dla Collegium wybitnych uczonych europejskich, przede wszystkim z Padwy, której sam był wychowankiem i niegdyś rektorem. Zamiary te udaremnił kardynał Hozjusz, głowa polskiej kontrreformacji.<br>Hozjusz stawiał na jezuitów, którzy wkrótce po przybyciu do Polski założyli pierwsze kolegium w Braniewie (1564). W 1590 r. mieli już ponad dziesięć szkół, a w połowie XVII w. około pięćdziesięciu. Były to szkoły o wysokim poziomie, otwarte dla ludzi zdolnych, oferujące młodzieży ubogiej i nieszlacheckiej bezpłatną naukę. Program nauczania