jest z trzema resztami histydyn (w pozycjach 28, 83 i 171) oraz resztą kwasu asparaginowego w pozycji 177. Te reszty aminokwasowe zachowane są w sekwencji wszystkich zbadanych dysmutaz manganowych.<br>W przypadku MnSOD drożdży S. cerevisiae (to już organizm eukariotyczny, ale mitochondrialna MnSOD drożdży jest przecież podobna do manganowej dysmutazy bakterii) ligandami atomu manganu są reszty histydyn w pozycjach 26, 81 i 172 oraz reszta asparaginianu w pozycji 168. Miejsce wiążące jony manganu (centrum aktywne) znajduje się w regionie zawiasowym pomiędzy domenami: N-końcową i C-końcową. Miejsce wiążące Mn podobne jest do miejsca wiążącego Zn w Cu,ZnSOD (w której jednak