Prace nad fitoaleksynami przechodzą obecnie z fazy opisowej, w której poznawano czynne związki chemiczne i szlaki ich powstawania, do etapu poznawania mechanizmów ich biosyntezy i działania na poziomie molekularnym. Stosunkowo najlepiej zbadanym szlakiem biosyntezy fitoaleksyn (ryc. 4.2) jest ten, który prowadzi do wytworzenia pterokarpanów, pochodnych pterokarpiny, występujących w roślinach motylkowych. Na przykład, w tworzeniu się medikarpiny z L-alaniny u lucerny uczestniczy 11 enzymów [19a]. W odpowiedzi na infekcję grzybową albo po traktowaniu wyciągiem z drożdży lub z patogenicznego grzyba, wszystkie te enzymy zostają uaktywnione. Świadczy to, że w roślinie istnieje system skoordynowanego uaktywnienia całej gamy genów odpowiedzialnych za wytworzenie