do konfederacji. Johnson musiał szukać schronienia w sąsiednim Kentucky.<br>W Waszyngtonie Johnson domagał się zajęcia wschodniej części Tennessee przez wojska Unii, ponieważ większość mieszkańców tej części opowiadała się przeciw secesji. Z tego powodu ludność tej części stanu była poddana represji ze strony konfederatów. Rodzina Johnsona została również wyrzucona ze swej posiadłości. Dwóch starszych synów Johnsona walczyło w szeregach armii północnej, a zięć Johnsona prowadził walkę partyzancką w górach Tennessee przeciw konfederatom.<br>W lutym 1862 r. wojska Unii, pod dowództwem generała Granta, zajęły Nashville i część zachodnich rejonów Tennessee. Prezydent Lincoln mianował Johnsona gubernatorem wojskowym Tennessee, polecając mu wprowadzenie "pokoju i bezpieczeństwa